获取可供变异的种子是启动整个过程的初始步骤。玩家需要前往游戏内的梅森商店，在花园商店中购买明确标注有变异标签的植物种子，这类种子是进行后续杂交培育的基础。除了常规购买，在特定的游戏活动期间，例如土地节，玩家也可以前往活动广场找到NPC土伯伯，通过对话领取如太空种子之类的特殊变异种子，这些活动种子为获取变异植物提供了另一条途径。
成功播种变异种子后，便进入了精心的培育与准备阶段。将种子种植在庄园的田地中，并悉心照料直至其成熟。当植物完全成熟时，其上方会出现一个花粉瓶的标志，这时玩家需要使用农具栏中的花粉瓶工具来采集这株植物的花粉。采集到的花粉会被存放在专门的花粉栏中，为下一步的关键操作做好准备。需只有同一种类但不同颜色的花朵之间才能进行有效的杂交授粉，例如粉色与蓝色的满天星。
当目标植物（即你希望其发生变异的植株）头顶出现小花标志时，意味着它已进入可授粉状态。从花粉栏中选择之前采集好的、与目标植物同种类但颜色不同的花粉，对其使用进行授粉。授粉成功后，该植物会进入一个特定的变异等待期。为了提高变异成功的可能性，玩家可以在授粉后立即对该植物施加变异肥料。
变异成功率受到多种因素的综合影响，并非百分之百。除了使用变异肥料，游戏内提供的神奇配方道具也能在一定程度上增加变异成功的几率。一些信息天气状况也可能对变异成功率产生微妙影响。对于太空种子这类特殊品种，其变异被描述为完全随机事件，但保持玩家在种子成熟时的在线状态，被认为可能有助于提高变异发生的概率。等待期间，玩家可以使用普通化肥来缩短植物的生长时间，但需注意不要用收获篮直接采摘处于授粉状态的植物，否则会中断变异进程。
如果变异成功，玩家将收获一株外观或属性全新的变异植物，并可以在生物图鉴的变异植物栏目中解锁相应的图鉴，同时获得园艺值作为奖励。倘若变异失败，则该植株将无法再产出花粉。成功培育出的变异植物，除了丰富个人收集，还可用于兑换如航天飞行器等特定的活动限定奖励。整个变异过程体现了从选择、培育、交互到等待收获的完整种植逻辑。
