进入迷失岛2的二周目，首先需要完全通关一周目。在完成一周目的所有主线任务后，游戏会自动提示可以开启二周目。二周目并非全新的游戏内容，而是在一周目的基础上增加了新的谜题、道具和隐藏成就，因此玩家需要重新开始游戏才能体验这些新增内容。部分二周目的解谜要素与一周目收集的道具和线索密切相关，如果未完成一周目，这些新增内容将无法正常触发。
开启二周目后，玩家会发现游戏流程与一周目大致相同，但新增了四个蓝色方块和一个红珠子等关键道具。这些道具分别位于外星人头部附近、火箭二楼左侧、古代神庙最深处以及通过铲子挖掘获得的异型块中。红珠子则需要在特定场景的罐子中找到，将其放入指定位置后需要记录出现的图案。这些新增道具的获取和使用是二周目解谜的核心环节，也是区别于一周目的重要特征。
二周目的主要新增场景包括废桥左侧的红梯子区域，玩家需要按照最初房间画布上的线索图案摆放四个蓝色方块。神庙密室的开启需要收集六个三角形石块，这些石块的位置分散在灯塔、工厂和金字塔等区域。金字塔密室外面的华容道谜题解法与一周目不同，而工厂大厅左侧的铁箱需要放入从金字塔门口获得的红色块，并根据神庙密室壁画上眼睛的睁开位置来解谜。
